Pelabuhan Pekalongan semula merupakan pelabuhan umum. Terhitung sejak bulan Desember 1974 pengelolaan dan asetnya diserahkan kepada Departemen Pertanian Direktorat Jenderal Perikanan dan diubah statusnya menjadi Pelabuhan Khusus Perikanan . Berdasarkan SK Menteri Pertanian no.310/Kpts/5/1978 tanggal 25 Mei 1978, Pelabuhan Perikanan ini resmi menjadi Pelabuhan Perikanan Nusantara Pekalongan sebagai UPT Direktorat Jenderal Perikanan Departemen Pertanian dan mulai 1 Mei 2001, PPN Pekalongan merupakan UPT Direktorat Jenderal Perikanan Tangkap Kementerian Kelautan dan Perikanan. Sebagai salah satu pelabuhan perikanan tertua di Indonesia, PPN Pekalongan sejak dulu telah memiliki kontribusi besar terhadap perikanan tangkap dan pernah menjdi salah satu tempat pendaratan ikan terbesar di Indonesia bahkan di Asia Tenggara.
